برخی از عوامل مثل برخی از غذاها یا برخی داروها یا برخی از مواد معدنی می تواند در جذب کلسیم تأثیر گذار باشد. جذب مناسب برای بهره‌مندی حداکثری از مکمل‌های کلسیم اهمیت دارد. برخی غذاها، مکمل‌ها و داروها می‌توانند در نحوه جذب کلسیم اختلال ایجاد کنند یا برعکس؛ بنابراین دانستن این که از چه مواردی باید اجتناب کرد یا کدام موارد را باید در زمان دیگری مصرف کرد، می‌تواند برای به حداکثر رساندن اثربخشی آن کمک کند.
1. آهن
به نقل از دفتر بهبود تغذیه جامعه وزارت بهداشت، کلسیم و آهن هر دو مواد معدنی مهمی هستند، اما مصرف همزمان آن‌ها ممکن است بر جذب آهن در بدن تأثیر بگذارد. کلسیم و آهن غیرهِم (non-heme iron)، یعنی آهن با منشأ گیاهی، برای جذب در روده‌ها با یکدیگر رقابت می‌کنند. کلسیم می‌تواند به آهن متصل شود و کمپلکس‌های نامحلول(کلات‌ها) تشکیل دهد که ممکن است به‌طور مؤثر جذب نشوند و در نتیجه سطح آهن در خون کاهش یابد. برخی از انواع مکمل‌های کلسیم، مانند کربنات کلسیم، می‌توانند اسیدیته معده را کاهش دهند. این امر نیز ممکن است باعث کاهش حلالیت و جذب آهن غیرهِم شود. اگر مکمل‌های کلسیم و آهن را همزمان مصرف کنید، ممکن است بدن شما مقدار کمتری از هر دو مکمل را جذب کند؛ برای به حداکثر رساندن جذب و اثربخشی، آن‌ها را در زمان‌های جداگانه مصرف کنید. همچنین از مصرف مکمل‌های کلسیم همراه با غذاهای غنی از آهن، مانند سبزیجات برگ‌سبز، خودداری کنید.
2. منیزیم
مکمل‌های منیزیم می‌توانند برای جذب در بدن با کلسیم رقابت کنند؛ مصرف همزمان آن‌ها مضر نیست، اما انجام این کار می‌تواند اثربخشی و فواید درمانی هر دو مکمل را کاهش دهد.دُزهای بالای مکمل‌های کلسیم می‌توانند تعادل منیزیم در بدن را مختل کنند. بهترین روش برای مصرف این مکمل‌ها، مصرف آن‌ها در زمان‌های متفاوتی از روز است تا حداکثر جذب در بدن امکان‌پذیر شود. اگر مکمل کلسیم را صبح مصرف می‌کنید، منیزیم را بعدازظهر یا شب مصرف کنید، یا برعکس.
3. ویتامین    D 
مصرف مکمل‌های کلسیم همراه با مکمل‌های ویتامین D ممکن است خطر بروز برخی عوارض نامطلوب را افزایش دهد. ویتامین D جذب کلسیم را در دستگاه گوارش افزایش می‌دهد و در نتیجه ممکن است باعث هیپرکلسمی(افزایش سطح کلسیم خون) شود. هیپرکلسمی می‌تواند باعث تهوع، استفراغ، ضعف عضلانی، درد، کاهش اشتها، کم‌آبی بدن، تشنگی بیش از حد و سنگ کلیه شود. مصرف مکمل‌های ویتامین D همراه با دُزهای بالای مکمل‌های کلسیم ممکن است خطر بروز سنگ کلیه را افزایش دهد، به‌ویژه در افرادی که سابقه عود سنگ کلیه دارند.
4. روی
کلسیم و روی ممکن است برای جذب، با یکدیگر بر سر ناقل‌ها و پروتئین‌های حامل مشترک رقابت کنند. مصرف غذاهای حاوی مقادیر زیادی از مواد معدنی، از جمله روی و مس، می‌تواند بر جذب کلسیم تأثیر بگذارد. دریافت مقادیر بالای روی ممکن است جذب کلسیم در روده را کاهش دهد؛ به همین ترتیب، مصرف زیاد مکمل‌های کلسیم در انواع مختلف آن، مانند استات، کربنات و گلوکونات، ممکن است جذب خوراکی روی را کاهش دهد. مکمل‌های روی و کلسیم را همزمان مصرف نکنید، زیرا این کار ممکن است اثربخشی هر یک از مکمل‌ها را کاهش دهد.
5. برخی داروها
مکمل‌های کلسیم ممکن است با برخی داروها تداخل داشته باشند و همچنین بر سطح کلسیم تأثیر بگذارند. اگر هر یک از داروهای ذیل را مصرف می‌کنید، درباره نحوه مصرف مکمل‌های کلسیم با پزشک یا ارائه‌دهنده خدمات سلامت مشورت کنید تا از بروز تداخلات یا عوارض جانبی جلوگیری شود: 
مکمل‌های کلسیم همچنین می‌توانند در جذبLevoxyl (لووتیروکسین)، یک هورمون تیروئیدی که برای درمان کم‌کاری تیروئید و سرطان تیروئید استفاده می‌شود، اختلال ایجاد کنند؛ از مصرف مکمل‌های کلسیم در فاصله چهار ساعت از مصرف این دارو خودداری کنید. مصرف طولانی‌مدت لیتیوم برای درمان اختلال دوقطبی می‌تواند منجر به هیپرکلسمی(افزایش سطح کلسیم خون) شود؛ از مصرف مکمل‌های کلسیم همراه با لیتوبید خودداری کنید، زیرا ممکن است خطر افزایش بیش از حد سطح کلسیم خون را افزایش دهد. 
مصرف همزمان مکمل‌های کلسیم و آنتی‌بیوتیک‌های کینولونی مانندCipro (سیپروفلوکساسین)، Factive (جمی‌فلوکساسین) و Avelox (موکسی‌فلوکساسین) می‌تواند اثربخشی آنتی‌بیوتیک‌ها را کاهش دهد؛ این داروها را با فاصله حداقل دو ساعت از یکدیگر مصرف کنید.
6. برخی غذاها
بسیاری از غذاها می‌توانند بر جذب مکمل‌های کلسیم تأثیر بگذارند و اثربخشی آن‌ها را کاهش دهند. این غذاها بر نحوه پردازش کلسیم در بدن تأثیر می‌گذارند: 
غذاهای سرشار از فیتات: غذاهای غنی از فیبر حاوی فیتات‌ها هستند که می‌توانند جذب کلسیم را کاهش دهند. فیتات‌های موجود در غلات کامل، حبوبات، مغزها و محصولات سویا نباید همراه با مکمل‌های کلسیم مصرف شوند.
کافئین: مصرف زیاد نوشیدنی‌های حاوی کافئین، مانند چای، قهوه یا نوشابه، همچنین سطح کلسیم خون را کاهش می‌دهد.
غذاهای سرشار از اسید اگزالیک(اگزالات‌ها): غذاهای حاوی مقادیر زیاد اگزالات نیز مانع جذب کلسیم می‌شوند؛ هر دو ماده معدنی در دستگاه گوارش به یکدیگر متصل می‌شوند و اگزالات کلسیم نامحلول تشکیل می‌دهند که به‌طور طبیعی مانع جذب کلسیم ضروری توسط بدن می‌شود. نمونه‌هایی از این غذاها عبارتند از اسفناج، ریواس و برگ چغندر.