​​​​​​​
گوجه‌فرنگی سرشار از مواد مغذی است، اما می‌تواند باعث رفلاکس معده و ناراحتی گوارشی در بعضی افراد شود. گوجه فرنگی سرشار از مواد مغذی مانند ویتامین C، پتاسیم، فیبر و لیکوپن(یک آنتی‌اکسیدان مفید برای سلامت قلب و کاهش خطر ابتلا به بیماری‌های مزمن) است؛ اما در برخی موارد، مصرف منظم  و روزانه آن ها ممکن است عوارض جانبی ناخواسته‌ای ایجاد کند، به ویژه برای افرادی که دارای شرایط خاص گوارشی، آلرژی و سایر مشکلات سلامتی هستند.
 گوجه فرنگی ممکن است رفلاکس اسید را بدتر کند
به نقل از دفتر بهبود تغذیه جامعه وزارت بهداشت، گوجه فرنگی به طور طبیعی اسیدی و اغلب با بدتر شدن بیماری رفلاکس معده به مری(GERD) مرتبط است؛ وضعیتی که در آن اسید معده از طریق دستگاه گوارش به بالا برمی‌گردد و باعث سوزش می‌شود. قابل ذکر است که مصرف گوجه فرنگی خودش باعث رفلاکس معده نمی‌شود ولی مصرف منظم آن در افرادی شود که از قبل این بیماری را دارند، ممکن است با تحریک مری یا افزایش قرار گرفتن در معرض اسید، باعث تشدید رفلاکس اسید و سوزش سر دل شود. کارشناسان بهداشتی معتقد هستند که محصولات به دست آمده از گوجه فرنگی مانند سس کچاپ و رب گوجه فرنگی ممکن است مشکل‌سازتر از گوجه فرنگی تازه باشند، زیرا معمولاً اسیدی‌تر هستند.
 مقادیر زیاد ممکن است باعث ناراحتی معده شود
گوجه فرنگی حاوی قند طبیعی به نام فروکتوز است که هضم آن برای بعضی افراد دشوار است. اگر گوجه فرنگی به صورت کامل هضم نشود، باکتری‌های روده می‌توانند فروکتوز را در دستگاه گوارش تخمیر کنند و منجر به علایمی مانند ناراحتی معده، اسهال، نفخ، دل درد و یبوست شوند؛ این علایم ممکن است در افرادی که سیستم گوارشی حساسی دارند یا شرایط گوارشی خاصی مانند سندرم روده تحریک‌پذیر(IBS) دارند، بیشتر باشد. کارشناسان خاطرنشان می‌کنند که اکثر افراد با مصرف مقادیر متوسط ​​گوجه‌فرنگی مشکلی نخواهند داشت، اما مصرف زیاد روزانه می‌تواند علایم را در افرادی که مستعد ناراحتی گوارشی ناشی از برخی غذاها هستند، تشدید کند.
 گوجه فرنگی ممکن است علایم آلرژی ایجاد کند
اگرچه آلرژی به گوجه فرنگی نسبتاً نادر است، اما رخ می‌دهد. گوجه فرنگی می تواند سندرم آلرژی دهانی را ایجاد کند که معمولاً باعث خارش یا سوزش موقت در دهان پس از خوردن گوجه فرنگی خام می‌شود. مطالعات نشان می‌دهند که این احتمال در افرادی که به گیاهان یا گرده‌های خاصی حساسیت دارند بیشتر است که می‌تواند بعد از خوردن گوجه فرنگی و سایر میوه‌ها مانند هلو، خربزه و پرتقال نیز ایجاد شود. در این موارد، گوجه فرنگی پخته شده ممکن است بهتر از گوجه فرنگی خام تحمل شود، چون گرما بعضی از پروتئین‌های مسئول این واکنش ها را تغییر می‌دهد.
گوجه فرنگی سرشار از هیستامین است
گوجه فرنگی به عنوان ماده غذایی سرشار از هیستامین در نظر گرفته می‌شود(هیستامین ها مواد شیمیایی طبیعی هستند که توسط سلول‌های سیستم ایمنی آزاد می‌شوند و هدف آن ها دفاع از بدن در برابر مواد خارجی است) برای افرادی که عدم تحمل هیستامین دارند(در این افراد بدن در تجزیه هیستامین مشکل دارد)، مصرف مکرر گوجه فرنگی ممکن است علایمی مانند خارش، عطسه، گرفتگی بینی، سردرد و گرگرفتگی ایجاد کند. کارشناسان خاطرنشان می‌کنند که تحقیقات عدم تحمل هیستامین هنوز در حال تکامل است و علایم ناشی از مصرف غذاهای حاوی هیستامین بالا می‌تواند از فردی به فرد دیگر بسیار متفاوت باشد.
گوجه فرنگی ممکن است در رژیم غذایی افراد مبتلا به بیماری مزمن پیشرفته کلیه محدود شود
به طور طبیعی گوجه فرنگی غنی از پتاسیم است که در حالت عمومی جای نگرانی نیست اما برای برخی از افراد مبتلا به بیماری مزمن پیشرفته کلیه، مصرف روزانه گوجه فرنگی می‌تواند مانع از دفع مناسب پتاسیم اضافی توسط کلیه‌ها شود. این امر منجر به افزایش بیش از حد پتاسیم در جریان خون می‌شود که به عنوان هیپرکالمی شناخته می‌شود و می‌تواند منجر به عوارض جدی در این بیماران شود، به همین دلیل، متخصصان توصیه می‌کنند افرادی که بیماری کلیوی دارند یا داروهای خاصی مصرف می‌کند که سطح پتاسیم را در بدن افزایش می‌دهد(مانند داروهای کاهنده فشار خون یا استروئیدها) قبل از افزودن گوجه فرنگی یا سایر غذاهای پر پتاسیم به رژیم غذایی خود، با پزشک مشورت کنند.